在灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于江宁县署。

弘光政权覆灭后，东南地区先后又出现了两个明政权。顺治二年（1645年）闰六月二十七日，张肯堂、黄道周、郑芝龙等旧明官僚拥立唐王朱聿键在福州即位，年号隆武，是为隆武政权。次日，张国维、张煌言等另一批旧明官僚拥鲁王朱以海监国于绍兴，是为鲁王政权。两政权都占有一定地盘，拥有一定兵力，但政治腐败、内部分裂，相互间不能协同作战。

顺治三年（1646年）正月，清廷命博洛为征南大将军，南下浙、闽。五月，清军趁天旱水浅之机渡过钱塘江，鲁王江上诸军皆溃。六月，清军攻占绍兴，鲁王逃往台州。不久，浙东政权军事统帅方国安以及马士英等降清，宁波、温州、义乌等地失守，清军据有浙江大部。鲁王逃往海上，先后依靠郑彩、张名振、张煌言、郑成功等保护。顺治八年（1651年）九月，浙东政权的最后根据地舟山岛被清军攻占。鲁王往依郑成功。顺治十年（1653年）自去“监国”号，浙东政权结束。博洛攻占浙江后，立即挥师南下，分兵两路经衢州、广信（今江西上饶）扑向福建的隆武政权。金声桓部清军则开始攻赣州，进迫福建，切断唐王与湖广的联系。同时，隆武政权掌握兵权的郑芝龙暗中降清，“尽撤关隘水陆诸防”，使清军从容越过福建的门户——仙霞岭，八闽望风瓦解。朱聿键由延平急奔汀州。清赵布泰军经崇安进占福州，郑芝龙率11万军队投降。接着，清军攻占漳州、泉州、兴化（今福建莆田）等地。隆武帝又为清兵追骑捕获，押回福州处死。隆武政权覆灭。福建、江西尽为清军所占。

顺治三年（1646年）桂王朱由榔在丁魁楚、瞿式耜等支持下在肇庆称帝，是为永历政权。清军占领湖南、两广后即部署云贵战事，但是在顺治九年至十三年（1652年至1656年）间，永历政权在西南以大西军为主，在东南以郑成功、张煌言为主，举行东征和北伐，迫使清廷对云贵的军事行动中断了四五年之久。顺治十六年（1659年）二月，李定国在磨盘山（今云南腾冲、龙陵间）伏击清军失败，被迫退走边境。永历帝见大势已去，遂入缅甸。顺治十八年（1661年），清军以内大臣爱星阿为定西将军自腾越发兵，分两路追击逃缅明军，南明军受到重大打击。十二月，永历帝被缅人交出，翌年，被吴三桂绞死于昆明。不久，李定国病逝于勐腊。南明政权至此彻底灭亡。清军从入关到消灭南明政权花了18年的时间，入关战争遂告结束，清朝终于建立起对全国的统治。